在植物育种中，单倍体育种是一种高效的方法，它通过诱导产生单倍体植株，再经过染色体加倍形成纯合二倍体，从而快速获得遗传稳定的品种。然而，在这个过程中，基因重组扮演着至关重要的角色。

首先，我们需要了解基因重组的基本概念。基因重组是指在有性生殖过程中，不同基因座位上的等位基因发生重新组合的现象。这种现象通常发生在减数分裂阶段，当同源染色体配对时，非姐妹染色单体之间可能会发生交换，导致新的基因组合形式的出现。

在单倍体育种中，尽管我们是从单倍体开始进行操作的，但为了最终获得可育的二倍体植株，往往需要经历一个染色体加倍的过程。而在这个过程中，由于单倍体细胞内的染色体数目仅为正常体细胞的一半，因此在自然状态下或人工诱导下完成受精作用时，必然伴随着减数分裂的发生。这就为基因重组提供了机会。

此外，在某些情况下，即使是在没有明显减数分裂的情况下，某些物种也可能通过其他机制实现类似的效果。例如，一些植物可以通过孤雌生殖或者无融合生殖的方式产生单倍体后代，而在这些过程中，虽然表面上看没有典型的减数分裂过程，但实际上内部仍可能存在一定程度上的遗传物质重排现象。

总之，在单倍体育种中之所以会出现基因重组，主要是因为该技术流程不可避免地涉及到与有性生殖相关联的步骤，如染色体加倍及随后可能发生的自然交配等环节。这些步骤为新基因型的产生创造了条件，并且有助于加速优良性状的固定以及不良性状的淘汰，从而提高育种效率。